美吉生物云平台微生物多样性流程全面升级

  • 2018-05-16 18:53:05
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美吉生物云平台微生物多样性流程全面升级

尊敬的科研工作者:

       您好!

       美吉生物云平台微生物多样性流程自2016年9月上线以来,广受大家的喜爱和追捧。为了回馈铁粉用户们的支持和厚爱,让大家体验到更为专业、贴心的分析服务,早日完成课题发表SCI,自2018年5月16日起,我们正式开放升级版的微生物多样性分析流程!欢迎各位前往体验!

 

分析流程更新具体内容如下:

(一)7项新分析正式上线

1 Ternary三元相图

Ternary Plot是用一个等边三角形描述三个变量的不同属性的比率关系,在分析中可以根据物种分类信息对三个或三组样本的物种组成进行比较分析,通过三角图可以直观的显示出不同物种在样本中的比重和关系。



2多维PCA分析

多维分组PCA分析与PCA分析类似,将样本包含多个大组,每个大组又包含多个亚组,则可以在亚组层次上做多维分组PCA分析,以比较所有亚组在不同处理因素下的菌群相似性和差异性。



3 PERMANOVA分析

PERMANOVA (Permutational Multivariate Analysis Of Variance,置换多元方差分析),可利用半度量(如:Bray-Curtis)或度量距离矩阵(如:Euclidean)对总方差进行分解,分析不同分组因素或环境因子(如临床表型数据、土壤理化指标等)对样品差异的解释度,并使用置换检验对划分的统计学意义进行显著性分析。



4 菌群分型分析

菌群分型分析,主要通过统计聚类的方法研究不同样本优势菌群结构的分型情况。主要适用于特定环境样本的菌群分型,如肠型(enterotypes),阴道分型(cervicotype),口腔分型等。


5 Metagenomeseq差异分析

MetagenomeSeq是用R开发的一个包,其基本思想是先将数据标准化,然后用零膨胀高斯分布 (Zero-inflated Gaussian distribution) 处理测序深度带来的影响,最后基于线性模型找出差异。主要用于两组样本的差异比较,并且每组样品个数是否一致对结果并无影响。



6 VIF方差膨胀因子分析

与菌群组成相关的环境因子很多,但其中有很多是自相关的,因此在进行环境因子分析前,可以优先进行环境因子筛选,保留那些相互作用较小的环境因子,进行后续研究。VIF(Variance inflation factor,方差膨胀因子)分析是目前常用的环境因子筛选方法。



7 MicroPITA分析

MicroPITA(microbiomes: Picking Interesting Taxonomic Abundance)分析是一种在分级研究中挑选样本的计算工具,能够更有效的分配资源,降低研究成本,最大化的利用样本。在宏基因组实验开展前,可以通过microPITA从大量微生物多样性样本中,按照不同标准,筛选出代表性样本进行宏基因组测序。



(二) 17项原有分析优化

1 群落组成分析优化

  • 组内合并及Others合并的功能从图表工具挪到运行页面,每次运行可产生分析记录供老师查看历史记录;

  • 群落柱形图和群落饼图图表工具增加颜色方案选择(若老师喜欢优化前的配色方案,请选择颜色方案四),以及按照物种名称进行排序的功能;

  • 群落柱形图和群落饼图相同物种用相同颜色标识。



2 群落Heatmap图优化

  • 当物种不聚类时,图表工具中可根据物种名称进行排序;
  • 新增文献常用的经典颜色方案。



3 样本与物种关系Circos图
  • 组内合并及Others合并的功能从图表工具挪到运行页面,每次运行可产生分析记录供老师查看历史记录。


4  PCA/PCoA/NMDS/PLS-DA分析呈图优化
  • 图表工具新增分组椭圆、0处十字虚线和外边框选项。



5 多组比较/两组比较/两样本比较分析优化

  • 多物种差异检验柱形图新增“物种筛选”功能,可选择特定物种作图;


  • 图表工具新增只显示显著性差异的物种选项;

  • 差异检验统计表增加物种、p值和q值查找的功能;

  • 两组比较新增wilcoxon符号秩检验,主要用于配对样本的检验,如同一病人用药前后的比较。


6 RDA/CCA分析优化

  • 通过模型进行判断,优化RDA/CCA呈图,若数据进行的是RDA分析,则物种以箭头表示;若数据进行的是CCA分析,则物种以点表示。

7 db-RDA分析优化

  • db-RDA分析新增轴解释度;

  • db-RDA分析相关数据表新增“envfit环境因子表”。

8 相关性Heatmap图优化

  • 当物种不聚类时,图表工具中可根据物种名称进行排序;
  • 新增文献常用的经典颜色方案。

9 随机森林分析优化

  • 新增模型验证:10-fold交叉验证法和AUC法,为您挑选最适合的物种构建biomarker;


  • 新增未知分类样本预测功能。

10 ROC分析优化

  • ROC分析呈图优化,增加置信区间。

11进化分析优化

  • 进化分析图表工具新增显示bootstrap值。


(三) 平台功能优化

1“数据质控”模块下新增“Metadata与分组信息管理”,可对环境因子表和分组方案进行在线管理。

环境因子管理页面:


分组方案管理页面:



2 每项分析页面新增“查看文献解析”和“查看视频教程”功能。

查看文献解析:


查看视频教程:


3 分析记录栏功能优化

成功的分析记录可添加记录描述信息;

失败的分析记录可查看分析选择参数。


4 任务页面新增“文章引用说明”,可直接用于文章撰写。


更多惊喜等您解锁,快点前往“微生物多样性分析流程”体验吧!

 

美吉生物医药科技有限公司

微生态事业部

2018年5月16日

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